Ce contrat, qui ne porte pas sur le troisième «axe» du CEA, la défense et la sécurité globale, a été basé sur «les enjeux auxquels la France doit faire face dans les années à venir», et notamment le nucléaire et les nouvelles technologies de l'énergie (pile à combustible, photovoltaïque...), les micro-nanotechnologies, les technologies concernant la santé, l'information et les sciences de la cognition.
Les ressources financières inscrites pour ce contrat prévoient des subventions de l'Etat de 943 millions d'euros en 2006, 950 millions d'euros en 2007, 960 millions d'euros en 2008 et 970 millions d'euros en 2009.
Les programmes de recherche du CEA dans le cadre du contrat d'objectifs portent d'abord sur l'énergie (déchets nucléaires, nucléaire du futur...), les nouvelles techno logies telles qu'hydrogène et pile à combustible, biomasse, photovoltaïque, fusion nucléaire contrôlée (Iter).
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